Irregular Hunter X: The Day of Sigma Tahunnya 21XX. Reploid adalah hal biasa sekarang, setelah Dr. Cain menemukan kembali lab lama Dr. Light dan mendasarkan beberapa desain dari aslinya Dr.Light, yang disebut “Megaman X.” X, sementara itu, telah bergabung dengan Pemburu Maverick, dan bekerja dengan pemimpin unit Zero di bawah komando Jenderal Sigma. Adalah tugas mereka untuk menghentikan reploid nakal, mereka yang telah menjadi kejam.