Fruits Basket: Prelude cerita dimulai dari rasa khawatir Kyo apakah dia layak untuk Tohru, yang dimana dia mengenal Ibunya Tohru dan merasa tanggung jawab terhadap kematiannya. Ibunya Tohru, Kyouko adalah anak brandal ketika sekolah sedangkan Ayahnya Katsuya adalah seorang guru magang di sekolahnya Kyouko. Pertemuan mereka dimulai saat Kyouko mendapatkan sebuah masalah, disana Katsuya mulai menemani dan mendengarkan setiap cerita Kyouko. Inilah kisah kedua orang tua Tohru ketika mereka mulai bertemu, saling menjalanin hubungan sampai menghadapi segala masalah di kehidupan mereka.