Elfen Lied bercerita tentang Lucy yang merupakan jenis manusia khusus yang disebut “Diclonius”, terlahir dengan sepasang tanduk pendek dan tangan telekinitif tak terlihat yang merupakan korban eksperimen ilmiah yang tidak manusiawi oleh pemerintah. Namun, begitu keadaan memberinya kesempatan untuk melarikan diri, Lucy, yang selalu di taru dalam kurungan dan penyiksaan.